A probiotikum készítmények koncentrált formában juttatják be a jótékony baktériumokat a bélrendszerbe, ahol azok megtelepedve számos mechanizmuson keresztül fejtik ki hatásukat. Egyrészt a jótékony baktériumok egyszerűen elfoglalják a helyet a patogén (kórokozó) mikroorganizmusok elől, így fizikailag gátolják a káros baktériumok megtelepedését és elszaporodását. Másrészt a
probiotikumok antimikrobiális anyagokat (bakteriocineket) termelnek, amelyek közvetlenül gátolják a káros mikroorganizmusok növekedését. A jótékony baktériumok emellett erősítik a bélnyálkahártya védőfunkcióját, serkentik a nyálka termelését és javítják a bélhám sejtek közötti szoros kapcsolatokat, így megakadályozzák a kórokozók és toxinok átjutását a bélfalon. A probiotikumok támogatják az immunrendszer helyes működését is, segítve a gyulladásos folyamatok szabályozását. Az emésztési folyamatok szempontjából pedig kiemelkedő, hogy a jótékony baktériumok emésztőenzimeket termelnek, amelyek segítik a tápanyagok lebontását és felszívódását.